Spieler übernehmen die Rolle eines auserwählten Helden, der verhindern muss, dass eine Welt ausgelöscht wird. Das Ziel besteht darin, die Wirklichkeit mithilfe des Buchs der Prophezeiung neu zu schreiben und zu entscheiden, welche Teile der Umgebung in den nächsten Zyklus übernommen werden.
Avalon Code dreht sich um ein originelles Code-System, mit dem Spieler Feinde und Objekte scannen und anschließend ihre elementaren Eigenschaften austauschen können. Durch das Verändern dieser Eigenschaften beeinflusst das Spiel sowohl die Kampfleistung als auch die Ergebnisse vieler Rätsel im Verlauf des Abenteuers.
Die Kämpfe laufen in Echtzeit ab, während der Stylus weiterhin unverzichtbar ist, um sich im Buch der Prophezeiung zu bewegen. Spieler müssen im Verlauf der Erkundung häufig mit ihm interagieren, um Daten aktuell zu halten und die Item-Synthese zu bewältigen.
Avalon Code hebt sich durch sein kühnes Konzept, seinen einprägsamen visuellen Stil und seine komplexe, stylusgesteuerte Benutzeroberfläche hervor. Das Design verlangt ständige Aufmerksamkeit für die internen Variablen des Spiels, sodass das Management ein dauerhafter Teil des Spielgeschehens ist.