Fire Emblem: New Mystery of the Emblem erzählt die Geschichte von Marth, dem Prinzen von Altea, der seine Armee vereint, um der wiedererstarkten Bedrohung durch Medeus und sein Imperium entgegenzutreten. Spieler befehligen eine vielfältige Gruppe von Einheiten auf rasterbasierten Schlachtfeldern und verlassen sich auf strategische Positionierung und die Vorteile des Waffendreiecks, um den Sieg zu erringen.
Dieser Teil führt das 'My Unit'-System ein, das es Spielern ermöglicht, einen anpassbaren Avatar zu erstellen, der als Marths persönlicher Leibwächter fungiert. Es baut auf dem ursprünglichen Mystery of the Emblem auf und fügt Neuerungen wie einen Casual-Modus hinzu, der gefallene Einheiten in späteren Kapiteln zurückkehren lässt, sowie ein verbessertes Beförderungssystem, das die Charakterentwicklung vertieft.
Das Spiel bietet mehrere Schwierigkeitsgrade und optionale Prolog-Kapitel, die die Vorgeschichte des Protagonisten ausleuchten. Es nutzt den Touchscreen des Nintendo DS für die Menünavigation und die Inspektion von Einheiten, was die Inventarverwaltung und Unterstützungsgespräche zwischen Charakteren vereinfacht.
Als letzter Fire Emblem-Titel, der für den Nintendo DS entwickelt wurde, zeichnet sich New Mystery of the Emblem durch eine vollständige grafische Überarbeitung und die Einbeziehung von Inhalten aus, die zuvor Japan vorbehalten waren, und festigt so seinen Platz als definitive Nacherzählung der klassischen Archanea-Saga.