In Godzilla: Domination! wählen die Spieler aus ikonischen Kaiju wie Godzilla, Mothra und King Ghidorah, um gegen rivalisierende Monster zu kämpfen und in urbanen Umgebungen Zerstörung anzurichten.
Das Spiel bietet sechs spielbare Monster und acht verschiedene Bühnen. Der Kampf besteht aus Basisangriffen, einzigartigen Spezialbewegungen und Umgebungsinteraktionen wie dem Werfen von Trümmern oder dem Zerstören von Gebäuden, um Power-Ups zu sammeln.
Ein Kampagnenmodus ermöglicht es den Spielern, zusätzliche Charaktere und Bühnen freizuschalten. Das Gameplay konzentriert sich auf schnelle Kämpfe in kompakten, isometrischen Stadtkarten, die für Handheld-Spiele entwickelt wurden.
Bekannt für seine detaillierten Sprite-Grafiken, vermittelt das Spiel auf dem GBA effektiv die Größe der Riesenmonster, wird jedoch durch repetitives KI-Verhalten und einen begrenzten Charakterkader zurückgehalten.