In Hydro Thunder steuern die Spieler Hochgeschwindigkeits-Motorboote durch tückische Wasserstrecken voller Hindernisse. Ziel ist es, vor den Gegnern die Ziellinie zu überqueren und so fortschrittlichere Boote sowie anspruchsvollere Kurse freizuschalten.
Dreizehn Boote stehen zur Auswahl, jedes mit unterschiedlichem Schwierigkeitsgrad der Steuerung. Die Strecken reichen von eisigen Gletschern bis zu überfluteten Stadtlandschaften und verlangen die Beherrschung der charakteristischen Wasserphysik des Spiels.
Ein Turbosystem treibt die Action an, wobei Power-ups eingesammelt werden, um Geschwindigkeitsschübe auszulösen. Die Verwaltung des Treibstoffs und das Meistern enger Kurven sind entscheidend, um konkurrenzfähig zu bleiben.
Bekannt für sein intensives Arcade-Tempo, fängt die Nintendo-64-Version die hektische Energie des Originals ein. Sie bleibt ein herausragendes Beispiel für Arcade-Rennspiele der späten 90er Jahre.