Los jugadores asumen el papel de Joe, miembro de los Blender Bros., encargado de liberar planetas del opresivo régimen Zog. El objetivo principal es navegar por diversos entornos, rescatar cautivos y destruir bases enemigas.
Blender Bros. combina plataformas de desplazamiento lateral con un sistema de combate distintivo. Joe puede usar movimientos especiales y objetos para superar desafíos en múltiples mundos planetarios temáticos.
El juego cuenta con un detallado sistema de recolección de objetos que recompensa la exploración con mejoras y potenciadores ocultos. Estos objetos aumentan la efectividad en combate contra una variedad de enemigos temáticos.
Conocido por su acción trepidante y su estilo visual único, Blender Bros. destaca en la biblioteca de GBA por su alta dificultad y su diseño de niveles poco convencional.