En Digimon Story: Lost Evolution, los jugadores tienen la tarea de restaurar un Mundo Digital destrozado. Un misterioso evento ha borrado datos cruciales de Digievolución, obligando a los protagonistas a viajar por diversas regiones para recuperar Digi-Piezas y restaurar el equilibrio del entorno.
El juego presenta el sistema Digi-Plate, que requiere recolectar y organizar piezas similares a rompecabezas para desbloquear rutas de evolución. Con más de 100 Digimon reclutables, el elenco se expande respecto a títulos anteriores a través de complejos árboles tecnológicos ramificados.
La exploración se realiza en entornos con vista cenital, con combates por turnos para gestionar tu grupo. La pantalla dual de Nintendo DS se utiliza para mostrar datos del mapa y estadísticas de combate al mismo tiempo.
Destacado por su gestión de evolución basada en cuadrículas, Digimon Story: Lost Evolution enfatiza la planificación estratégica por encima de la simple acumulación de niveles para alcanzar formas Digimon superiores.