Fire Emblem: New Mystery of the Emblem narra la búsqueda de Marth, príncipe de Altea, mientras une a su ejército para enfrentar la amenaza resurgente de Medeus y su imperio. Los jugadores comandan un diverso elenco de unidades en campos de batalla basados en cuadrículas, confiando en el posicionamiento estratégico y las ventajas del triángulo de armas para asegurar la victoria.
Esta entrega introduce el sistema 'Mi Unidad', que permite a los jugadores crear un avatar personalizable que actúa como guardaespaldas personal de Marth. Se basa en el Mystery of the Emblem original con adiciones como un modo casual que permite que las unidades caídas regresen en capítulos posteriores, y un sistema de promoción mejorado que profundiza el desarrollo de los personajes.
El juego ofrece múltiples niveles de dificultad y capítulos de prólogo adicionales que desarrollan la historia del protagonista. Aprovecha la pantalla táctil de Nintendo DS para navegar menús e inspeccionar unidades, simplificando la gestión del inventario y las conversaciones de apoyo entre personajes.
Como el último título de Fire Emblem desarrollado para Nintendo DS, New Mystery of the Emblem destaca por su renovación gráfica completa y la inclusión de contenido previamente exclusivo de Japón, consolidándose como una versión definitiva de la clásica saga de Archanea.