Kinokontrol ng mga manlalaro si Musashi, isang maalamat na samurai na dinala sa isang pantasyang mundo upang iligtas si Prinsesa Fillet at mabawi ang maalamat na espada na Lumina. Karamihan sa pakikipagsapalaran ay umiikot sa paglalakbay sa mga 3D na kapaligiran at pagpapabagsak sa mga puwersa ng Thirstquench Empire.
May natatanging Bin system na nagbibigay-daan kay Musashi na sumipsip ng mga katangian ng kaaway at gamitin ang mga ito para malutas ang mga palaisipan sa kapaligiran. Nakaayos ang mga labanan sa paligid ng Fusion at Lumina blades, na bawat isa ay may iba’t ibang pattern ng pag-atake at mahikang kapangyarihan.
Binabago ng real-time na day-and-night cycle ang mga rutina ng NPC, oras ng pagbubukas ng mga tindahan, at ang pagkakaroon ng ilang quest. Malaking bahagi ng karanasan ang pag-eexplore, na may magkakaugnay na mga rehiyon na nangangailangan din ng maingat na pagbabantay sa stamina at kalusugan.
Tinatandaan ang Brave Fencer Musashi dahil sa makulay nitong estilo at lokal na humor, kaya naging natatangi itong action-RPG sa PlayStation na pinagsasama ang platforming elements at mga klasikong combat system.