Sa Fire Emblem: Mystery of the Emblem, sinusundan ng mga manlalaro si Marth, ang ipinatapong prinsipe ng Altea, habang pinamumunuan niya ang isang hukbo upang bawiin ang kanyang bayan at labanan ang mga madilim na puwersang nagbabanta sa mundo. Ang gameplay ay umiikot sa pag-navigate sa turn-based na mga mapa at pagtupad sa mga kondisyon ng tagumpay—tulad ng pagkuha ng mga trono o pagtalo sa mga kumander ng kaaway—habang pinapanatiling buhay ang mga pangunahing yunit.
Ang installment na ito ay nagtatayo sa taktikal na core ng serye sa pamamagitan ng pagdaragdag ng mekanikong pagbaba ng kabayo para sa mga naka-mount na yunit, na pinipilit ang mga kabalyero at knight na lumaban nang naglalakad kapag nasa loob ng gusali. Kasama sa roster ang maraming recruitable na karakter, bawat isa ay may natatanging growth rate, klase, at estratehikong papel na nakakaapekto sa pagganap sa larangan ng digmaan.
Ang laro ay nahahati sa dalawang bahagi: isang remake ng orihinal na Fire Emblem at isang direktang sequel, Mystery of the Emblem, na nagpapatuloy sa pangunahing kuwento. Pinamamahalaan ng mga manlalaro ang mga inventory, ino-optimize ang paglaki ng yunit, at ginagamit ang terrain bonuses upang makakuha ng kalamangan sa mga kumplikadong estratehikong labanan sa iba't ibang kapaligiran.
Bilang isang landmark na titulo sa Super Famicom, ang Fire Emblem: Mystery of the Emblem ay nagtatampok ng kapansin-pansing pagpapabuti sa graphics at interface kumpara sa nauna nito. Pinatibay nito ang reputasyon ng serye para sa high-stakes, permanenteng pagkamatay ng yunit at malalim, narrative-driven na taktikal na gameplay.