Sa Hydro Thunder, ang mga manlalaro ang mamamahala ng mga high-speed powerboat, na karera sa mapanganib na mga daluyan ng tubig na puno ng mga panganib. Ang layunin ay tumawid sa finish line nang nauuna sa mga karibal, na magbubukas ng mas advanced na mga sasakyan at mas mapanghamong mga circuit.
Labintatlong bangka ang available, bawat isa ay may iba't ibang antas ng kahirapan sa paghawak. Ang mga track ay mula sa nagyeyelong glacier hanggang sa lumubog na urban landscapes, na nangangailangan ng mastery sa natatanging water physics ng laro.
Isang turbo system ang nagpapabilis ng aksyon, kung saan ang mga power-up ay kinokolekta para sa biglaang pagbilis. Ang pamamahala ng gasolina at pag-navigate sa masikip na liko ay mahalaga upang manatiling kompetitibo.
Kilala sa matinding arcade pace nito, ang bersyon ng Nintendo 64 ay nakukuha ang nakatutuwang enerhiya ng orihinal na cabinet. Ito ay nananatiling isang natatanging halimbawa ng arcade racing noong huling bahagi ng dekada 90.