Pinagsasama ng Marvel vs. Capcom: Clash of Super Heroes ang mga kilalang mandirigma mula sa Marvel Universe at ang mga pamilyar na karakter ng Capcom sa mabilis na 2D na tag-team na labanan. Pumipili ang mga manlalaro ng dalawang lumalaban at isang assist character, pagkatapos ay papasok sa maiikling arcade-style na laban na mabilis ang takbo.
Ipinakikilala ng laro ang Variable System, na nagpapahintulot sa mga manlalaro na magpalit ng mga mandirigma nang maayos sa gitna ng sagupaan. Nagtatampok ang roster nito ng 15 puwedeng laruin na karakter, kabilang sina Ryu, Chun-Li, Spider-Man, at Captain America, pati na rin ang mga nakatagong mandirigma tulad ni Onslaught.
Isa sa mga tampok nitong mekanika ang Variable Cross, isang feature na nagbibigay-daan sa parehong karakter na umatake nang sabay sa loob ng maikling panahon. Sa PlayStation, nagdadagdag din ang laro ng mga eksklusibong mode tulad ng Cross Over at Training, na nagbibigay sa mga manlalaro ng mas marami pang paraan para magsanay at hasaing ang kanilang taktika.
Kilala sa napakabilis nitong takbo at kapansin-pansing visual style, nakatulong ang entry na ito sa paghubog ng tag-team fighting format. Hinahamon din nito nang husto ang hardware, kaya maaari itong magdulot ng maiikling pagbagal kapag napuno ang screen ng mabibigat na particle effects.