Sinusundan ng Mickey Mania si Mickey Mouse habang dumaraan siya sa mahahalagang sandali sa kasaysayan ng animasyon, mula sa Steamboat Willie hanggang sa The Prince and the Pauper.
Nakatuon ang gameplay sa platforming at labanan mula sa malayo gamit ang mga projectile. Maaaring mapatumba ni Mickey ang mga kalaban sa pagtalon sa kanila o sa pangongolekta ng mga marble na ihahagis, habang sumusulong sa anim na magkakahiwalay na mundo batay sa mga kilalang short film.
Ginagamit ng laro ang hardware ng SNES upang makalikha ng pseudo-3D na mga biswal at layered scrolling, na nagbibigay sa mga side-scrolling na stage ng mas malinaw na pakiramdam ng lalim.
Pinuri dahil sa tapat nitong presentasyon, ginagawa ng Mickey Mania na mga digital sprite ang hitsura ng klasikong hand-drawn animation, na pinananatili ang makinis na galaw at istilo ng mga karakter na inuugnay sa mga cartoon noong dekada 1930.