Sinusundan ng Robopon 2: Cross Version si Cody sa mundo ng Porombo habang nagsisikap siyang maging nangungunang Robopon master. Naglalakbay ang mga manlalaro sa iba’t ibang lokasyon at nakikilahok sa mga taktikal na labanan laban sa mga kalabang trainer habang umuusad sa pakikipagsapalaran.
Kasama sa gameplay ang malalim na sistema ng pag-customize na nagbibigay-daan sa mga manlalaro na bihisan ang mga Robopon ng iba’t ibang bahagi upang baguhin ang kanilang stats at kakayahan. Higit sa 100 natatanging robot ang lumilitaw sa roster, at bawat isa ay kabilang sa isang elemental na uri na nakaaapekto sa bisa nito sa labanan.
Mayroon ding detalyadong crafting system ang Robopon 2: Cross Version, kung saan maaaring pagsamahin ang mga nakalap na materyales upang makagawa ng mga bagong item at upgrade. Ang suporta sa multiplayer ay may link cable head-to-head battles, na nagbibigay sa mga manlalaro ng paraan upang magpalitan ng Robopon at subukan ang iba’t ibang team setup laban sa isa’t isa.
Kilala rin ang laro sa kakaibang battery system nito, na humihiling sa mga manlalaro na bantayan ang enerhiya ng kanilang mga robot. Nagdadagdag ito ng elemento ng resource management na hindi pangkaraniwan sa iba pang monster-collecting games noong panahong iyon.