Nakasentro ang Soul of the Samurai sa dalawang puwedeng laruing bayani, ang ronin na si Kotaro at ang kunoichi na si Lin, na nakatuklas ng isang kakaibang sabwatan na may kaugnayan sa mga undead sa isang baryong winasak ng salot noong panahon ng Edo.
Nakabatay ang sistema ng laban nito sa tamang tiyempo at tindig, na hinihikayat ang mga manlalaro na mag-parry at sumagot sa mga pag-atake ng kalaban habang binabantayan ang stamina. Maaaring magpalit ang mga manlalaro sa iba’t ibang istilo ng pakikipaglaban at uri ng armas upang samantalahin ang mga tiyak na kahinaan ng bawat kalaban.
Gumagamit ang laro ng mga nakapirming anggulo ng kamera at mga pre-rendered na background upang bumuo ng isang masining at atmosperikong tagpuan, na may diin sa paglutas ng puzzle sa kapaligiran, paggalugad, at maingat na paggamit ng mga item sa imbentaryo na limitado lamang.