Les joueurs incarnent Joe, membre des Blender Bros., chargé de libérer des planètes du régime oppressif de Zog. L'objectif principal est de naviguer à travers divers environnements, de secourir des captifs et de détruire les bases ennemies.
Blender Bros. combine un jeu de plateforme à défilement horizontal avec un système de combat distinctif. Joe peut utiliser des mouvements spéciaux et des objets pour surmonter les défis de plusieurs mondes planétaires thématiques.
Le jeu propose un système de collecte d'objets détaillé qui récompense l'exploration avec des power-ups et des améliorations cachées. Ces objets augmentent l'efficacité au combat contre une variété d'ennemis thématiques.
Connu pour son action rapide et son style visuel unique, Blender Bros. se distingue dans la bibliothèque GBA par sa difficulté élevée et sa conception de niveaux non conventionnelle.