Fire Emblem : Le Nouveau Mystère de l'Emblème relate la quête de Marth, prince d'Altea, alors qu'il rassemble son armée pour affronter la menace renaissante de Medeus et de son empire. Les joueurs commandent un groupe varié d'unités sur des champs de bataille quadrillés, en s'appuyant sur un positionnement stratégique et les avantages du triangle des armes pour remporter la victoire.
Cet opus introduit le système « Mon unité », permettant aux joueurs de créer un avatar personnalisable qui agit comme garde du corps personnel de Marth. Il s'appuie sur le Mystery of the Emblem original avec des ajouts comme un mode casual qui permet aux unités vaincues de revenir dans les chapitres ultérieurs, et un système de promotion amélioré qui approfondit le développement des personnages.
Le jeu propose plusieurs niveaux de difficulté et des chapitres prologue bonus qui développent le passé du protagoniste. Il exploite l'écran tactile de la Nintendo DS pour naviguer dans les menus et inspecter les unités, simplifiant la gestion de l'inventaire et les conversations de soutien entre les personnages.
En tant que dernier titre Fire Emblem développé pour la Nintendo DS, Le Nouveau Mystère de l'Emblème se distingue par sa refonte graphique complète et l'inclusion de contenu auparavant exclusif au Japon, consolidant sa place en tant que récit définitif de la saga classique d'Archanea.