Dans Hydro Thunder, les joueurs prennent le volant de hors-bords ultra-rapides, fonçant à travers des parcours aquatiques périlleux semés d'obstacles. Le but est de franchir la ligne d'arrivée avant les rivaux, débloquant ainsi des embarcations plus avancées et des circuits de plus en plus difficiles.
Treize bateaux sont disponibles, chacun avec un niveau de maniabilité différent. Les circuits vont des glaciers gelés aux paysages urbains submergés, exigeant une maîtrise de la physique aquatique distinctive du jeu.
Un système de turbo dynamise l'action, avec des power-ups à collecter pour déclencher des accélérations. Gérer le carburant et négocier les virages serrés sont essentiels pour rester compétitif.
Connue pour son rythme arcade intense, la version Nintendo 64 capture l'énergie frénétique de la borne d'arcade originale. Elle reste un exemple marquant du jeu de course arcade de la fin des années 90.