Pemain berperan sebagai pahlawan terpilih yang harus mencegah sebuah dunia terhapus. Tujuannya adalah menulis ulang kenyataan melalui Book of Prophecy, dengan menentukan bagian mana dari lingkungan yang dibawa ke siklus berikutnya.
Avalon Code berpusat pada Code System orisinal yang memungkinkan pemain memindai musuh dan objek, lalu menukar sifat elemennya. Dengan mengubah properti tersebut, game ini memengaruhi performa pertarungan sekaligus hasil dari banyak teka-teki yang ditemui sepanjang perjalanan.
Pertarungannya menggunakan aksi real-time, sementara stylus tetap penting untuk bernavigasi melalui Book of Prophecy. Pemain harus sering berinteraksi dengannya saat menjelajah untuk menjaga data tetap diperbarui dan menangani sintesis item.
Avalon Code menonjol lewat konsepnya yang berani, gaya visual yang mudah diingat, dan antarmuka rumit yang digerakkan stylus. Desainnya menuntut perhatian terus-menerus pada variabel internal game, sehingga pengelolaan menjadi bagian tetap dari permainan.