Dalam Digimon Story: Lost Evolution, pemain ditugaskan untuk memulihkan Dunia Digital yang hancur. Sebuah peristiwa misterius telah menghapus data Evolusi yang penting, memaksa para protagonis untuk menjelajahi berbagai wilayah guna mengumpulkan Digi-Piece dan mengembalikan keseimbangan lingkungan.
Game ini menampilkan sistem Digi-Plate, yang membutuhkan pengumpulan dan penyusunan potongan puzzle untuk membuka jalur evolusi. Dengan lebih dari 100 Digimon yang dapat direkrut, daftar ini diperluas dari judul sebelumnya melalui pohon teknologi yang kompleks dan bercabang.
Eksplorasi berlangsung di lingkungan atas-bawah, dengan pertempuran berbasis giliran untuk mengelola party Anda. Layar ganda Nintendo DS digunakan untuk menampilkan data peta dan statistik pertempuran secara bersamaan.
Terkenal dengan manajemen evolusi berbasis grid, Digimon Story: Lost Evolution menekankan perencanaan strategis daripada sekadar menaikkan level untuk mencapai bentuk Digimon yang lebih tinggi.