Fire Emblem: New Mystery of the Emblem mengisahkan petualangan Marth, pangeran Altea, saat ia menyatukan pasukannya untuk menghadapi ancaman kebangkitan Medeus dan kekaisarannya. Pemain memimpin beragam unit di medan perang berbasis grid, mengandalkan posisi strategis dan keunggulan segitiga senjata untuk meraih kemenangan.
Seri ini memperkenalkan sistem 'My Unit', yang memungkinkan pemain membuat avatar yang dapat disesuaikan yang bertindak sebagai pengawal pribadi Marth. Game ini mengembangkan Mystery of the Emblem asli dengan tambahan seperti mode kasual yang memungkinkan unit yang gugur kembali di babak selanjutnya, dan sistem promosi yang ditingkatkan yang memperdalam pengembangan karakter.
Game ini menawarkan beberapa tingkat kesulitan dan bab prolog bonus yang mengembangkan latar belakang protagonis. Game ini memanfaatkan layar sentuh Nintendo DS untuk menavigasi menu dan memeriksa unit, menyederhanakan manajemen inventaris dan percakapan dukungan antar karakter.
Sebagai judul Fire Emblem terakhir yang dikembangkan untuk Nintendo DS, New Mystery of the Emblem menonjol karena perombakan grafis total dan penyertaan konten yang sebelumnya eksklusif untuk Jepang, memperkuat posisinya sebagai penceritaan ulang definitif dari saga Archanea klasik.