Dalam Hydro Thunder, pemain mengemudikan perahu motor berkecepatan tinggi, berlomba melalui jalur air berbahaya yang penuh rintangan. Tujuannya adalah mencapai garis finis lebih dulu dari lawan, membuka kapal yang lebih canggih dan sirkuit yang semakin menantang.
Tiga belas perahu tersedia, masing-masing dengan tingkat kesulitan pengendalian yang berbeda. Trek mulai dari gletser es hingga lanskap perkotaan yang terendam, menuntut penguasaan fisika air khas game ini.
Sistem turbo menggerakkan aksi, dengan power-up yang dikumpulkan untuk meledakkan kecepatan. Mengelola bahan bakar dan menavigasi tikungan tajam sangat penting untuk tetap kompetitif.
Dikenal karena kecepatan arkade yang intens, versi Nintendo 64 menangkap energi liar dari kabinet asli. Game ini tetap menjadi contoh menonjol dari balapan arkade akhir 90-an.