Pemain berperan sebagai Joe, anggota Blender Bros., yang ditugaskan untuk membebaskan planet-planet dari rezim Zog yang menindas. Tujuan utamanya adalah menjelajahi pelbagai persekitaran, menyelamatkan tawanan, dan memusnahkan pangkalan musuh.
Blender Bros. menggabungkan platformer sisi skrol dengan sistem pertempuran yang tersendiri. Joe boleh menggunakan gerakan khas dan item untuk mengatasi cabaran di pelbagai dunia planet bertema.
Permainan ini menampilkan sistem pengumpulan item terperinci yang memberi ganjaran kepada penerokaan dengan kuasa tambahan dan naik taraf tersembunyi. Item-item ini meningkatkan keberkesanan pertempuran terhadap pelbagai musuh bertema.
Dikenali dengan aksi pantas dan gaya visual yang unik, Blender Bros. menonjol dalam perpustakaan GBA kerana kesukaran tinggi dan reka bentuk tahap yang tidak konvensional.