Pemain mengawal Musashi, seorang samurai lagenda yang dibawa ke sebuah alam fantasi untuk menyelamatkan Puteri Fillet dan mendapatkan semula pedang lagenda Lumina. Sebahagian besar pengembaraan berpusat pada pergerakan melalui persekitaran 3D dan menewaskan pasukan Empayar Thirstquench.
Sistem Bin yang tersendiri membolehkan Musashi menyerap sifat musuh dan menggunakannya untuk mengatasi teka-teki persekitaran. Pertarungan dibina sekitar bilah Fusion dan Lumina, masing-masing menawarkan corak serangan dan kuasa magis yang berbeza.
Kitaran siang dan malam masa nyata mengubah rutin NPC, waktu operasi kedai, serta ketersediaan misi tertentu. Penerokaan ialah sebahagian besar pengalaman ini, dengan wilayah yang saling bersambung dan turut memerlukan perhatian rapi terhadap pengurusan stamina dan kesihatan.
Brave Fencer Musashi dikenang kerana gayanya yang berwarna-warni dan humor tempatan yang disesuaikan, menjadikannya action-RPG yang unik di PlayStation yang menggabungkan unsur platforming dengan sistem pertarungan klasik.