Dalam Digimon Story: Lost Evolution, pemain ditugaskan untuk memulihkan Dunia Digital yang hancur. Peristiwa misterius telah menghapus data Digivolution penting, memaksa protagonis untuk menjelajahi pelbagai wilayah untuk memulihkan Digi-Pieces dan mengembalikan keseimbangan alam sekitar.
Permainan ini menampilkan sistem Digi-Plate, yang memerlukan pengumpulan dan penyusunan kepingan seperti teka-teki untuk membuka laluan evolusi. Dengan lebih 100 Digimon yang boleh direkrut, senarai ini berkembang daripada judul sebelumnya melalui pokok teknologi yang kompleks dan bercabang.
Penerokaan berlaku dalam persekitaran atas-bawah, dengan pertempuran berasaskan giliran untuk menguruskan parti anda. Skrin dua Nintendo DS digunakan untuk menunjukkan data peta dan statistik pertempuran pada masa yang sama.
Terkenal dengan pengurusan evolusi berasaskan grid, Digimon Story: Lost Evolution menekankan perancangan strategik berbanding sekadar menaikkan tahap untuk mencapai bentuk Digimon yang lebih tinggi.