Fire Emblem: New Mystery of the Emblem mengisahkan perjalanan Marth, putera Altea, ketika dia menyatukan tenteranya untuk menghadapi ancaman kebangkitan Medeus dan empayarnya. Pemain mengetuai pelbagai unit di medan perang berasaskan grid, bergantung pada kedudukan strategik dan kelebihan segi tiga senjata untuk meraih kemenangan.
Siri ini memperkenalkan sistem 'My Unit', membolehkan pemain mencipta avatar boleh suai yang bertindak sebagai pengawal peribadi Marth. Ia memperkembangkan Mystery of the Emblem asal dengan penambahan seperti mod kasual yang membolehkan unit gugur kembali dalam babak kemudian, dan sistem kenaikan pangkat yang diperbaiki yang memperdalam pembangunan watak.
Permainan ini menawarkan pelbagai tetapan kesukaran dan babak prolog bonus yang mengembangkan latar belakang protagonis. Ia menggunakan skrin sentuh Nintendo DS untuk menavigasi menu dan memeriksa unit, memudahkan pengurusan inventori dan perbualan sokongan antara watak.
Sebagai judul Fire Emblem terakhir yang dibangunkan untuk Nintendo DS, New Mystery of the Emblem menonjol dengan pengubahsuaian grafik menyeluruh dan kemasukan kandungan yang sebelum ini eksklusif untuk Jepun, mengukuhkan kedudukannya sebagai penceritaan semula muktamad saga Archanea klasik.