Shinseiki Odysselya II mengikuti sekumpulan wira dalam perjalanan mereka merentasi dunia bergaya anime yang berwarna-warni. Pemain memimpin kumpulan ini melalui pelbagai lokasi, sambil menyertai pertempuran taktikal yang memajukan jalan cerita.
Entri ini menambah sistem pertempuran yang lebih terperinci, di mana susunan parti dan kebolehan unik setiap watak memainkan peranan besar dalam menentukan kemenangan. Pertempuran berlaku pada petak grid, jadi penempatan yang teliti sama pentingnya dengan memilih arahan dalam sistem berasaskan giliran tradisional.
Shinseiki Odysselya II juga menyertakan struktur naik taraf yang mendalam, membolehkan pemain meningkatkan peralatan dan menaikkan statistik parti. Pengembaraan berlangsung di peta dunia yang dipenuhi bandar, penjara bawah tanah, serta pertemuan tersembunyi sesekali.
Dikenang kerana persembahan visualnya yang berani pada SNES, Shinseiki Odysselya II memaksimumkan keupayaan perkakasan dengan sprite yang sangat terperinci dan animasi yang hidup, walaupun antara muka berasaskan menu kadang-kadang boleh memperlahankan rentak permainan.