The Legend of Kage 2 mengikuti ninja Kage dan Chihiro ketika mereka menyusup ke kubu musuh untuk menyelamatkan Puteri Kirihime. Pemain bergerak melalui peringkat yang menggabungkan laluan menegak dan mendatar, lalu berusaha hingga ke penghujung setiap misi.
Berpandukan versi arked asal, permainan ini menambah dua watak boleh dimainkan dengan gaya yang berbeza. Kage menumpukan serangan jarak dekat, manakala Chihiro menggunakan serangan jarak jauh dan ketangkasan yang lebih tinggi, memberi pemain pendekatan taktikal yang berbeza.
The Legend of Kage 2 juga menampilkan sistem ninjutsu yang membolehkan teknik berkuasa yang mampu membersihkan seluruh skrin. Pertempuran tertumpu pada serangan pedang, balingan shuriken, dan lompatan dinding yang tangkas ketika pemain mara menentang gelombang musuh.
The Legend of Kage 2 menggunakan susun atur dua skrin untuk penjejakan peta dan pengurusan watak, sambil mengekalkan aksi siri ini yang pantas dan mencabar.