Spelers kruipen in de huid van een uitverkoren held die moet voorkomen dat een wereld volledig wordt gewist. Het doel is om de werkelijkheid opnieuw te schrijven via het Boek der Profetie, waarbij je bepaalt welke delen van de omgeving worden meegenomen naar de volgende cyclus.
Avalon Code draait om een origineel Code System waarmee spelers vijanden en objecten kunnen scannen en vervolgens hun elementaire eigenschappen kunnen uitwisselen. Door die eigenschappen te veranderen, past de game zowel de gevechtsprestaties aan als de uitkomsten van veel puzzels onderweg.
De gevechten verlopen in realtime, terwijl de stylus onmisbaar blijft om door het Boek der Profetie te navigeren. Tijdens het verkennen moeten spelers er vaak mee interacteren om gegevens bij te werken en om items samen te stellen via synthese.
Avalon Code valt op door het gedurfde concept, de herkenbare visuele stijl en de uitgewerkte interface die sterk op de stylus leunt. Het ontwerp vraagt voortdurend aandacht voor de interne variabelen van de game, waardoor beheer een vast onderdeel van het spel blijft.