Spelers nemen de controle over Musashi, een legendarische samoerai die naar een fantasierijk wordt gebracht om prinses Fillet te redden en het legendarische Lumina-zwaard terug te vinden. Een groot deel van het avontuur draait om het doorlopen van 3D-omgevingen en het verslaan van de strijdkrachten van het Thirstquench Empire.
Een onderscheidend Bin-systeem laat Musashi vijandelijke eigenschappen opnemen en gebruiken om omgevingspuzzels op te lossen. Gevechten draaien om de Fusion- en Lumina-bladen, die elk verschillende aanvalspatronen en magische krachten bieden.
Een realtime dag-en-nachtcyclus verandert de routines van npc's, de openingstijden van winkels en de beschikbaarheid van bepaalde quests. Verkenning is een belangrijk deel van de ervaring, met verbonden gebieden die ook om zorgvuldige aandacht voor stamina- en gezondheidsbeheer vragen.
Brave Fencer Musashi staat bekend om zijn kleurrijke stijl en gelokaliseerde humor, en is een unieke actie-RPG op de PlayStation die platformelementen combineert met klassieke gevechtssystemen.