Fire Emblem: New Mystery of the Emblem volgt de queeste van Marth, prins van Altea, terwijl hij zijn leger verenigt om de hernieuwde dreiging van Medeus en zijn rijk het hoofd te bieden. Spelers commanderen een diverse cast van eenheden op rastergebaseerde slagvelden, vertrouwend op strategische positionering en wapendriehoekvoordelen om de overwinning veilig te stellen.
Deze aflevering introduceert het 'My Unit'-systeem, waarmee spelers een aanpasbare avatar kunnen creëren die fungeert als Marths persoonlijke lijfwacht. Het bouwt voort op de originele Mystery of the Emblem met toevoegingen zoals een casual modus die gevallen eenheden in latere hoofdstukken laat terugkeren, en een verbeterd promotiesysteem dat de karakterontwikkeling verdiept.
De game biedt meerdere moeilijkheidsgraden en bonus prolooghoofdstukken die de achtergrond van de protagonist uitdiepen. Het maakt gebruik van het Nintendo DS-aanraakscherm voor het navigeren door menu's en het inspecteren van eenheden, waardoor inventarisbeheer en ondersteuningsgesprekken tussen personages worden vereenvoudigd.
Als de laatste Fire Emblem-titel die voor de Nintendo DS is ontwikkeld, onderscheidt New Mystery of the Emblem zich door een complete grafische vernieuwing en de opname van inhoud die voorheen exclusief was voor Japan, waarmee het zijn plaats als definitieve hervertelling van de klassieke Archanean-saga bevestigt.