In Godzilla: Domination! kiezen spelers uit iconische kaiju zoals Godzilla, Mothra en King Ghidorah om rivaliserende monsters te bevechten en verwoesting aan te richten in stedelijke omgevingen.
Het spel bevat zes speelbare monsters en acht verschillende levels. De gevechten bestaan uit basisaanvallen, unieke speciale moves en interacties met de omgeving, zoals het gooien van puin of het slopen van gebouwen om power-ups te verzamelen.
Een campagnemodus stelt spelers in staat om extra personages en levels vrij te spelen. De gameplay richt zich op snelle brawls in compacte, isometrische stadskaarten die zijn ontworpen voor handheld gaming.
Bekend om zijn gedetailleerde sprite-graphics, brengt het spel de schaal van reuzenmonsters effectief over op de GBA, hoewel het wordt tegengehouden door repetitief AI-gedrag en een beperkt aantal personages.