In Hydro Thunder nemen spelers plaats achter het stuur van hogesnelheidsmotorboten en racen ze door verraderlijke waterbanen vol gevaren. Het doel is om als eerste over de finish te komen, waarbij ze geavanceerdere boten en steeds uitdagendere circuits vrijspelen.
Er zijn dertien boten beschikbaar, elk met een andere moeilijkheidsgraad qua besturing. De circuits variëren van ijzige gletsjers tot ondergedompelde stedelijke landschappen, en vereisen beheersing van de kenmerkende waterfysica van het spel.
Een turbosysteem drijft de actie aan, met power-ups die worden verzameld om snelheidsuitbarstingen te ontketenen. Het beheren van brandstof en het navigeren van krappe bochten zijn cruciaal om concurrerend te blijven.
Bekend om zijn intense arcadetempo, vangt de Nintendo 64-versie de hectische energie van de originele kast. Het blijft een uitstekend voorbeeld van arcaderacen uit de late jaren 90.