In Hydro Thunder nemen spelers het stuur van hogesnelheidsmotorboten en racen door dynamische omgevingen, van de poolcirkel tot de Griekse eilanden. Het hoofddoel is om als eerste over de finish te komen, met behulp van boost-power-ups die verspreid over de circuits liggen.
De game biedt dertien boten, ingedeeld op moeilijkheidsgraad, en veertien unieke circuits. Door boost-iconen te verzamelen, kunnen spelers snelheidsuitbarstingen activeren, luchttijd maken over hellingen en shortcuts nemen.
Omgevingsgevaren zoals uitbarstende vulkanen en instortende structuren veranderen de baanindeling tijdens de race. De PlayStation-versie behoudt het hoogwaardige tempo van de arcade-origineel, met focus op precieze besturing en strategisch gebruik van hydro-sprongen.
Bekend om zijn indrukwekkende waterfysica en levendige baanontwerpen, staat Hydro Thunder bekend als een definitieve arcade-racer, die de intensiteit van zijn arcade-voorganger vastlegt.