Spelers kruipen in de huid van een leerling aan een magische academie en reizen door verschillende werelden om klasgenoten te redden die na een vreemde aanval op de school zijn ontvoerd.
Het gevechtssysteem draait om elementaire interactie, met Mana Spirits die de vaardigheden van elk personage versterken en via zorgvuldige beheersing van elementaire affiniteiten de uitkomst van turn-based gevechten bepalen.
Magical Vacation heeft een kleurrijke, dromerige stijl en een uitgebreide wereldkaart, en moedigt verkenning aan terwijl het gezelschap door dimensies trekt op zoek naar de Enigma.
Ontwikkeld door Brownie Brown staat de game bekend om zijn gedetailleerde pixel art en complexe magiesystemen, hoewel de oorspronkelijke uitgave exclusief in Japan verscheen.