Uitgebracht voor de Game Boy Advance in 2001, is Mega Man Battle Network een rollenspel dat actie en strategie combineert.
Je volgt Lan Hikari, een jongen in een nabije toekomst waarin het internet, het Net genoemd, een fysieke ruimte is die wordt verkend door Net Navigators en hun Navi-partners. Je bestuurt voornamelijk MegaMan.EXE, Lan's persoonlijke Navi, terwijl je door het Net reist om virussen te bestrijden en kwaadaardige hackers te stoppen. Het spel wisselt af tussen Lan's activiteiten in de echte wereld en MegaMan.EXE's missies op verschillende netwerkservers.
De kern van de gameplay bestaat uit het verkennen van het Net, dat is opgedeeld in verschillende gebieden, en het voeren van tactische gevechten op een raster. In gevechten verplaats je MegaMan.EXE over een 3x3-raster terwijl virussen de tegenovergestelde kant bezetten. Je gebruikt Battle Chips uit je hand om aan te vallen, te verdedigen of te ondersteunen, met als doel de HP van de vijand te verlagen. Het verzamelen en organiseren van deze chips is essentieel om MegaMan.EXE's vaardigheden aan te passen en je aan te passen aan verschillende tegenstanders. Dit systeem combineert real-time actie met strategische kaartachtige mechanieken.
Om vooruitgang te boeken in Mega Man Battle Network moet je verhaalmissies voltooien, puzzels oplossen in zowel de echte als de digitale wereld, en MegaMan.EXE upgraden met chips en programma's. Het verhaal ontvouwt zich door interacties die Lan's dagelijkse leven verbinden met de digitale bedreigingen waar MegaMan.EXE mee te maken krijgt.