Pokemon Crystal Inheritance is een geavanceerde GBC ROM-hack gemaakt door DWG, gebouwd op de robuuste 8-bit Polished Crystal-engine. Dit unieke avontuur keert de traditionele formule volledig om: in plaats van gymbadges te verzamelen om de Elite Four uit te dagen, gaan spelers op een epische, tijdreizende reis om de Johto-regio te verenigen tegen een duistere autoritaire kracht die het verleden en de toekomst bedreigt.
Het verhaal splitst je avontuur tussen twee verschillende tijdperken. In Historisch Johto confronteer je de machtsbeluste keizer Mejimi en zijn meedogenloze generaals—Bobesh, Kensey en Adrinna—die een enorme crisis uitbuiten om totale controle te krijgen. In Modern Johto heb je te maken met afgedwaalde gymleiders die worstelen met een snel veranderende wereld. Je tactische keuzes in dit tijdverdraaiende verhaal leiden uiteindelijk naar een van twee totaal verschillende eindes.
De game bevat een verfijnde, volledig toegankelijke Pokédex van 254 unieke soorten (285 totaalvormen), waaronder klassieke Pokémon uit Sinnoh, Hisui en gloednieuwe aangepaste 'Oude Vormen'. Verkenning is sterk puzzelgericht, waarbij spelers tijdreismechanieken moeten gebruiken om de overworld te manipuleren, naast het verkennen van een complex Zelda-geïnspireerd 'Trick House' verborgen in het historische Ilex Forest. Traditionele functies zijn flink herzien—Kurt fungeert nu als terugkerende gevechtspartner om extra ervaring te geven, en een langdurige 'Trade Quest' geïnspireerd door The Legend of Zelda: Oracle of Ages stelt je in staat om sleutelitems over tijdperken te ruilen om uiteindelijk de ongrijpbare Master Ball te verkrijgen.
Een opvallende functie is het Hidden Palette System, waarbij een Pokémon een alternatief kleurenpalet toont als zijn DVs (Deter Values) gemaximaliseerd zijn voor een specifiek Hidden Power-type. Zes gespecialiseerde NPC's in de regio kunnen de DVs van je team aanpassen om deze unieke paletten te geven, die anders 128 keer zeldzamer zijn dan standaard Generation 2 Shinies in het wild. Voor casual spelers geeft een speciale Sandbox Room direct items of willekeurige Pokémon van elk type, zijn Rare Candies te koop voor $1 in de Azalea Mart, en kunnen HMs vrij worden overschreven zonder een move deleter.