Shinseiki Odysselya II volgt een groep helden terwijl zij door een kleurrijke wereld in anime-stijl reizen. Spelers leiden dit gezelschap langs uiteenlopende locaties en nemen deel aan tactische gevechten die het verhaal verder brengen.
Deze aflevering voegt een uitgebreider gevechtssysteem toe waarin de samenstelling van het gezelschap en de unieke vaardigheden van elk personage een grote rol spelen in de overwinning. Gevechten vinden plaats op een raster, waardoor zorgvuldige positionering net zo belangrijk is als het kiezen van commando’s in het traditionele turn-based systeem.
Shinseiki Odysselya II bevat ook een diep upgradesysteem waarmee spelers uitrusting kunnen verbeteren en de statistieken van het gezelschap kunnen verhogen. Het avontuur speelt zich af op een wereldkaart vol steden, kerkers en af en toe verborgen ontmoetingen.
Shinseiki Odysselya II staat bekend om zijn gewaagde visuele presentatie op de SNES en duwt de hardware tot het uiterste met fijn gedetailleerde sprites en levendige animaties, ook al kan de menugerichte interface het tempo soms vertragen.