Als prequel op het originele spel vertelt Tenchu 2: Birth of the Stealth Assassins over de vorming van de Azuma Ninja-clan. Spelers nemen de rollen aan van drie verschillende personages—Rikimaru, Ayame en Tatsumaru—in een vertakkend verhaal dat de politieke onrust van het feodale Japan en de tragische gebeurtenissen die leidden tot het ontstaan van het Verborgen Ninja-dorp onderzoekt.
Tenchu 2 introduceert een geavanceerd stealth-systeem dat gebruikmaakt van verticale beweging en omgevingsverkenning via een veelzijdige grijphaak. Het spel bevat ook een robuuste missie-editor, waarmee spelers hun eigen levels kunnen creëren en aanpassen, wat de herspeelbaarheid aanzienlijk vergroot boven het hoofdverhaal.
De kern van de gameplay draait om het observeren van bewakerspatrouilles en het benutten van vijandelijke zichtlijnen om stille, eenmalige doden uit te voeren. Spelers hebben toegang tot een verscheidenheid aan traditionele ninja-gereedschappen, waaronder shurikens, rookbommen en caltrops, om vijanden uit te schakelen of beperkte gebieden te omzeilen terwijl ze verborgen blijven in complexe, gelaagde levels.
Tenchu 2 blijft een mijlpaal in het stealth-actiegenre, geprezen om het belonen van tactisch geduld boven directe confrontatie. De historische betekenis ligt in het verfijnen van de 3D-ninjasimulatieformule op de PlayStation, waarmee een maatstaf werd gezet voor stealth-mechanica en sfeervolle levelontwerpen die latere delen in de serie beïnvloedden.