The Legend of Kage 2 volgt ninjas Kage en Chihiro terwijl ze vijandelijke forten binnendringen om prinses Kirihime te redden. Spelers bewegen zich door stages die verticale en horizontale routes combineren en werken zo naar het einde van elke missie.
Voortbouwend op de arcade-oorsprong voegt de game twee speelbare personages toe met elk een eigen stijl. Kage richt zich op mêlee-aanvallen van dichtbij, terwijl Chihiro uitblinkt in afstandsaanvallen en meer wendbaarheid biedt, waardoor spelers verschillende tactische benaderingen hebben.
The Legend of Kage 2 bevat ook een ninjutsu-systeem waarmee krachtige technieken mogelijk zijn die het scherm schoonvegen. Gevechten draaien om zwaardaanvallen, shurikenworpen en behendige muur-sprongen terwijl spelers zich door golven vijanden heen vechten.
The Legend of Kage 2 gebruikt de dubbele schermindeling voor het volgen van de kaart en het beheren van personages, terwijl de snelle, veeleisende actie van de serie behouden blijft.