Fire Emblem: New Mystery of the Emblem narra a jornada de Marth, príncipe de Altea, enquanto ele une seu exército para enfrentar a ameaça ressurgente de Medeus e seu império. Os jogadores comandam um elenco diversificado de unidades em campos de batalha baseados em grade, contando com posicionamento estratégico e vantagens do triângulo de armas para garantir a vitória.
Esta edição introduz o sistema 'My Unit', permitindo que os jogadores criem um avatar personalizável que atua como guarda-costas pessoal de Marth. Ela expande o Mystery of the Emblem original com adições como um modo casual que permite que unidades derrotadas retornem em capítulos posteriores, e um sistema de promoção aprimorado que aprofunda o desenvolvimento dos personagens.
O jogo oferece múltiplas configurações de dificuldade e capítulos prólogo bônus que detalham a história do protagonista. Ele aproveita a tela sensível ao toque do Nintendo DS para navegar pelos menus e inspecionar unidades, simplificando o gerenciamento de inventário e as conversas de apoio entre personagens.
Como o último título Fire Emblem desenvolvido para o Nintendo DS, New Mystery of the Emblem se destaca por sua reformulação gráfica completa e pela inclusão de conteúdo anteriormente exclusivo do Japão, consolidando seu lugar como uma releitura definitiva da clássica saga de Archanea.