Super Mario USA acompanha Mario, Luigi, Toad e Princesa Peach em sua jornada pelo mundo dos sonhos de Subcon para salvar seus habitantes de Wart, um rei sapo que tomou o controle da terra.
O jogo acrescenta um sistema central de levantar e arremessar, permitindo que os personagens arranquem vegetais do chão ou peguem inimigos e os lancem como armas. Os jogadores podem escolher entre quatro personagens distintos, cada um com velocidades de corrida e habilidades de salto diferentes.
Super Mario USA é composto por sete mundos, e cada mundo se divide em três fases antes de terminar em batalhas contra chefes que dependem do uso cuidadoso de itens. Os jogadores avançam tanto pelas áreas da superfície quanto pelas do subespaço, com poções mágicas abrindo locais escondidos cheios de moedas e power-ups.
Lançado pela primeira vez no Japão como Yume Kōjō: Doki Doki Panic, Super Mario USA apresenta um estilo visual e uma estrutura de jogabilidade próprios, que o diferenciam da fórmula padrão de Super Mario Bros.