Fire Emblem: New Mystery of the Emblem kể về cuộc hành trình của Marth, hoàng tử Altea, khi anh đoàn kết quân đội để đối mặt với mối đe dọa trỗi dậy từ Medeus và đế chế của hắn. Người chơi chỉ huy một đội hình đa dạng các đơn vị trên chiến trường dạng lưới, dựa vào chiến thuật bố trí và lợi thế tam giác vũ khí để giành chiến thắng.
Phiên bản này giới thiệu hệ thống 'My Unit', cho phép người chơi tạo một avatar tùy chỉnh đóng vai trò vệ sĩ riêng của Marth. Nó xây dựng dựa trên Mystery of the Emblem gốc với các bổ sung như chế độ casual cho phép đơn vị ngã xuống quay lại ở các chương sau, và hệ thống thăng cấp cải tiến giúp phát triển nhân vật sâu sắc hơn.
Trò chơi cung cấp nhiều cài đặt độ khó và các chương prologue bổ sung làm rõ lai lịch của nhân vật chính. Nó tận dụng màn hình cảm ứng Nintendo DS để điều hướng menu và kiểm tra đơn vị, đơn giản hóa quản lý vật phẩm và các cuộc trò chuyện hỗ trợ giữa các nhân vật.
Là tựa Fire Emblem cuối cùng được phát triển cho Nintendo DS, New Mystery of the Emblem nổi bật với sự đại tu đồ họa hoàn chỉnh và bao gồm nội dung trước đây chỉ có ở Nhật Bản, khẳng định vị thế là bản kể lại dứt khoát của câu chuyện Archanea kinh điển.