Trong Kingdom Hearts Re:coded, người chơi dẫn dắt Data-Sora đi qua các phiên bản mô phỏng của những thế giới Disney kinh điển để lần ra nguồn gốc của một thông điệp bí ẩn bị lỗi, được giấu trong cuốn nhật ký của Jiminy Cricket.
Hệ thống Stat Matrix mang đến khả năng tùy biến nhân vật sâu thông qua một bảng dạng lưới, cho phép người chơi điều chỉnh máu, sức mạnh và tiến trình kỹ năng. Trò chơi kết hợp nhiều kiểu chơi đa dạng, luân chuyển giữa chiến đấu action-RPG, đi cảnh cuộn cảnh bên và các phân đoạn bắn trên đường ray.
Hệ thống deck cho phép sử dụng chiến thuật các lệnh đặc biệt, sẽ hồi lại sau mỗi lần dùng. Người chơi quản lý những deck này để tung ra các đòn kết liễu mạnh mẽ và liên hoàn tấn công trong các trận chiến với Heartless và trùm.
Nổi bật nhờ tính linh hoạt kỹ thuật trên Nintendo DS, tựa game này thích ứng nhiều cơ chế thuộc các thể loại khác nhau cho phần cứng cầm tay, khéo léo hòa trộn yếu tố hành động và giải đố trong khuôn khổ cốt truyện của series.