Phát hành cho Game Boy Advance vào năm 2001, Mega Man Battle Network là một game nhập vai kết hợp các yếu tố hành động và chiến thuật.
Bạn theo chân Lan Hikari, một cậu bé trong thế giới tương lai gần nơi internet, gọi là Net, là không gian vật lý được khám phá bởi Net Navigator và đối tác Navi của họ. Bạn chủ yếu điều khiển MegaMan.EXE, Navi cá nhân của Lan, khi bạn hành trình qua Net để chiến đấu với virus và ngăn chặn hacker độc hại. Game xen kẽ giữa các hoạt động ngoài đời thực của Lan và các nhiệm vụ của MegaMan.EXE trên các máy chủ mạng khác nhau.
Lối chơi cốt lõi liên quan đến việc khám phá Net, được chia thành các khu vực khác nhau, và tham gia vào các trận chiến chiến thuật dạng lưới. Trong chiến đấu, bạn di chuyển MegaMan.EXE trên lưới 3x3 trong khi virus chiếm phía đối diện. Bạn sử dụng Battle Chip từ tay để tấn công, phòng thủ hoặc hỗ trợ, nhằm giảm HP của kẻ địch. Thu thập và sắp xếp các chip này là chìa khóa để tùy chỉnh khả năng của MegaMan.EXE và thích ứng với các kẻ thù khác nhau. Hệ thống này pha trộn hành động thời gian thực với cơ chế chiến thuật giống thẻ bài.
Tiến triển qua Mega Man Battle Network yêu cầu hoàn thành các nhiệm vụ cốt truyện, giải câu đố ở cả thế giới thực và kỹ thuật số, và nâng cấp MegaMan.EXE bằng chip và chương trình. Câu chuyện mở ra qua các tương tác kết nối cuộc sống hàng ngày của Lan với các mối đe dọa kỹ thuật số mà MegaMan.EXE phải đối mặt.