The Legend of Kage 2 theo chân hai ninja Kage và Chihiro khi họ đột nhập vào các pháo đài của kẻ thù để giải cứu công chúa Kirihime. Người chơi di chuyển qua các màn kết hợp lối đi dọc và ngang, từng bước tiến tới cuối mỗi nhiệm vụ.
Phát triển từ bản arcade gốc, trò chơi bổ sung hai nhân vật có thể chơi với phong cách riêng biệt. Kage thiên về cận chiến bằng đòn đánh trực diện, còn Chihiro dùng tấn công tầm xa và có độ linh hoạt cao hơn, mang đến cho người chơi những cách tiếp cận chiến thuật khác nhau.
The Legend of Kage 2 cũng có hệ thống ninjutsu cho phép tung ra những kỹ thuật mạnh mẽ, quét sạch cả màn hình. Các trận chiến tập trung vào chém kiếm, ném shuriken và bật tường nhanh nhẹn khi người chơi vượt qua từng đợt kẻ địch.
The Legend of Kage 2 sử dụng bố cục hai màn hình để theo dõi bản đồ và quản lý nhân vật, đồng thời vẫn giữ lối hành động nhanh, đầy thử thách của series.