En Fire Emblem: Misterio del Emblema, los jugadores siguen a Marth, el príncipe exiliado de Altea, mientras comanda un ejército para recuperar su patria y combatir fuerzas oscuras que amenazan el mundo. La jugabilidad gira en torno a navegar mapas por turnos y cumplir condiciones de victoria —como capturar tronos o derrotar comandantes enemigos— mientras se mantienen vivas las unidades clave.
Esta entrega desarrolla el núcleo táctico de la serie añadiendo una mecánica de desmontaje para unidades montadas, obligando a caballería y caballeros a luchar a pie en interiores. El elenco incluye numerosos personajes reclutables, cada uno con tasas de crecimiento, clases y roles estratégicos únicos que afectan su rendimiento en el campo de batalla.
El juego se divide en dos partes: una reedición del primer Fire Emblem y una secuela directa, Misterio del Emblema, que continúa la historia principal. Los jugadores gestionan inventarios, optimizan el crecimiento de las unidades y aprovechan las bonificaciones del terreno para obtener ventajas en complejas batallas estratégicas a través de diversos entornos.
Como título emblemático de Super Famicom, Fire Emblem: Misterio del Emblema presenta mejoras notables en gráficos e interfaz respecto a su predecesor. Consolidó la reputación de la serie por la muerte permanente de unidades de alto riesgo y una jugabilidad táctica profunda y narrativa.