Dans CT Special Forces 3: Bioterror, des commandos d'élite sont déployés pour contrer les menaces biologiques mondiales d'une organisation rebelle. Les joueurs dirigent des agents spécialisés à travers des bases ennemies fortifiées, affrontant des forces hostiles dans divers environnements dangereux pour neutraliser la menace.
Le jeu propose une variété de personnages, chacun avec des armes et des compétences tactiques distinctes. Les missions mêlent le run-and-gun classique en plateforme au tir de précision et à des séquences de véhicules rapides, emmenant les joueurs dans plusieurs zones de conflit à travers le monde.
CT Special Forces 3: Bioterror met l'accent sur un gameplay basé sur des objectifs, exigeant une navigation prudente et une gestion des ressources. Les mécanismes de furtivité obligent les joueurs à éviter les systèmes de sécurité tout en faisant pression sur les installations d'armes biologiques, équilibrant déplacement discret et assaut direct.