Dans Fire Emblem : Le Mystère de l'Emblème, les joueurs suivent Marth, le prince exilé d'Altea, alors qu'il commande une armée pour reconquérir sa patrie et combattre les forces obscures menaçant le monde. Le gameplay repose sur la navigation dans des cartes au tour par tour et la réalisation d'objectifs de victoire — comme capturer des trônes ou vaincre les commandants ennemis — tout en gardant les unités clés en vie.
Cet opus développe le noyau tactique de la série en ajoutant une mécanique de démontage pour les unités montées, obligeant cavalerie et chevaliers à combattre à pied à l'intérieur. Le roster comprend de nombreux personnages recrutables, chacun avec des taux de croissance, classes et rôles stratégiques uniques qui affectent les performances sur le champ de bataille.
Le jeu est divisé en deux parties : un remake du premier Fire Emblem et une suite directe, Le Mystère de l'Emblème, qui poursuit l'histoire principale. Les joueurs gèrent les inventaires, optimisent la croissance des unités et exploitent les bonus de terrain pour gagner des avantages dans des batailles stratégiques complexes à travers des environnements variés.
En tant que titre phare sur Super Famicom, Fire Emblem : Le Mystère de l'Emblème présente des améliorations notables en termes de graphismes et d'interface par rapport à son prédécesseur. Il a cimenté la réputation de la série pour la mort permanente des unités à enjeux élevés et un gameplay tactique profond axé sur le récit.