फायर एम्बलेम: न्यू मिस्ट्री ऑफ द एम्बलेम अल्टिया के राजकुमार मार्थ की गाथा है, जो मेडियस और उसके साम्राज्य के पुनरुत्थान के खतरे का सामना करने के लिए अपनी सेना को एकजुट करता है। खिलाड़ी ग्रिड-आधारित युद्धक्षेत्रों में विविध इकाइयों की कमान संभालते हैं, रणनीतिक स्थिति और हथियार त्रिकोण लाभों पर निर्भर रहते हैं।
यह संस्करण 'माई यूनिट' प्रणाली शुरू करता है, जो खिलाड़ियों को एक अनुकूलन योग्य अवतार बनाने की अनुमति देता है जो मार्थ के निजी अंगरक्षक के रूप में कार्य करता है। यह मूल मिस्ट्री ऑफ द एम्बलेम पर आधारित है, जिसमें एक कैज़ुअल मोड जैसे जोड़ हैं जो गिरी हुई इकाइयों को बाद के अध्यायों में लौटने की अनुमति देता है, और एक बेहतर प्रमोशन प्रणाली जो चरित्र विकास को गहरा करती है।
गेम कई कठिनाई स्तर और बोनस प्रस्तावना अध्याय प्रदान करता है जो नायक की पृष्ठभूमि को विस्तारित करते हैं। यह मेनू नेविगेट करने और इकाइयों का निरीक्षण करने के लिए निन्टेंडो डीएस टच स्क्रीन का लाभ उठाता है, जिससे इन्वेंट्री प्रबंधन और पात्रों के बीच समर्थन वार्तालाप सरल हो जाते हैं।
निन्टेंडो डीएस के लिए विकसित अंतिम फायर एम्बलेम शीर्षक के रूप में, न्यू मिस्ट्री ऑफ द एम्बलेम अपने पूर्ण ग्राफिकल ओवरहाल और पहले जापान-विशेष सामग्री को शामिल करने के लिए अलग दिखता है, जो क्लासिक आर्केनियन गाथा के एक निश्चित पुनर्कथन के रूप में अपनी जगह पक्की करता है।