Dalam Fire Emblem: Mystery of the Emblem, pemain mengikuti Marth, pangeran Altea yang diasingkan, saat ia memimpin pasukan untuk merebut kembali tanah airnya dan melawan kekuatan gelap yang mengancam dunia. Gameplay berkisar pada navigasi peta berbasis giliran dan memenuhi kondisi kemenangan—seperti merebut takhta atau mengalahkan komandan musuh—sambil menjaga unit-unit kunci tetap hidup.
Seri ini membangun inti taktis dari seri sebelumnya dengan menambahkan mekanisme turun kuda untuk unit berkuda, memaksa kavaleri dan ksatria untuk bertarung dengan berjalan kaki saat di dalam ruangan. Daftar karakter mencakup banyak karakter yang dapat direkrut, masing-masing dengan tingkat pertumbuhan, kelas, dan peran strategis unik yang memengaruhi performa di medan perang.
Game ini terbagi menjadi dua bagian: remake dari Fire Emblem asli dan sekuel langsung, Mystery of the Emblem, yang melanjutkan alur cerita utama. Pemain mengelola inventaris, mengoptimalkan pertumbuhan unit, dan memanfaatkan bonus medan untuk mendapatkan keuntungan dalam pertempuran strategis yang kompleks di berbagai lingkungan.
Sebagai judul penting di Super Famicom, Fire Emblem: Mystery of the Emblem menampilkan peningkatan signifikan dalam grafis dan antarmuka dibandingkan pendahulunya. Game ini memperkuat reputasi seri untuk kematian unit permanen dengan taruhan tinggi dan gameplay taktis yang mendalam serta berbasis narasi.